Сообщается, что свою профессиональную деятельность Шитов начинал в 1997 году на должности следователя в органах прокуратуры Краснодарского края.

С 2007 года он занимал различные должности органах СК России. Был заместителем руководителя территориального следственного отдела, заместителем руководителя отдела по расследованию особо важных дел и отдела процессуального контроля, руководителем первого отдела по расследованию особо важных дел, руководителем отдела в Центральном аппарате Следственного комитета России.

С 2018 года руководил второго контрольно-следственным отделом в региональном аппарате СУ СК России.

Отмечается, что Михаил Шитов занимался расследованием резонансных уголовных дел. Среди них дело серийного маньяка, который убивал девушек в Краснодарском крае с 1996 по 2002 годы.

Под руководством нового зама главы Следкома Кубани раскрыты коррупционные преступления и преступления с участием лиц, занимающих высшее положение в преступной иерархии на территории края.